Para configurar o Certificado Digital você deve fazer o seguinte procedimento:
No menu superior, clicar no ícone da engrenagem e depois em Sistema
Na tela que será aberta, vá até a aba NFe depois em Certificado Digital
Clique em upload para carregar o certificado Digital tipo A1
Após fazer o Upload, digite a senha fornecida do Certificado Digital e clique em salvar, caso a senha esteja correta, o certificado será salvo normalmente.
OBS: Você precisará deslogar e logar novamente no sistema para as informações entrarem em vigor no sistema.